中医学接受了中国传统的系统论思维方式，把它贯彻到临床实践中，很自然地侧重于研究和掌握人的健康与疾病的系统特性和系统规律，形成了中医学的朴素系统论思维。这主要体现在:在学术思想上，所持的观点与还原论思维相反，不是“组合一分解”、“原子一还原”观，而是“分一整体”、“元气一系统”观，把人理解为分化系统，强调其整体性、不可分解性、不可还原性，理解和调节其“整体大于部分之和”的特性和内容。在学术内容上，气化、阴阳、藏象、经络、辨证论治等理论及其在临床的应用，所反映和调节的主要是人的健康与疾病的系统特性和系统规律，人的整体性、联系性、动态性、有序性等特性和规律，都得到深刻的反映和有效的调节。在防治方法上，是遵循着人的系统特性和规律进行考察和调节，形成了朴素的系统方法。
   近几十年来，关于思维方式的性质进行了大量的讨论和研究，所取得的基本认识是，朴素系统论思维是中医学思维方式的本质，是形成中医学术特色的内在根据，是中医学在未来发展中具有的一种优势;中西医之间学术争鸣的内在本质是系统论与还原论两种思维方式之间的差异。
   3.3.2西医学的还原论思维
   还原论思维是形成西医学术特色的内在根据，要正确地认识西医学的特色及与中医学的差异，需要深入地理解还原论思维的性质和特点。“还原”
(Reduction)的本义是简化、缩减、降级、归并。a还原论”(Reductionism)作为一种思维方式，是认为复杂事物是一些更为简单、更为基本的成分的组合物，
主张把复杂事物分解为较为简单的成分来研究，从低层次规律来解释高层次现象。
   还原论思维的思想基础是原子论，原子论的基本观点转化成为还原论思维的基本原理。还原论思维的主要原理是:第一，“组合一分解”原理认为世界万物是由分散存在的“原子”组合而成的，因而可以分解，可以把整体分解为部分，再把部分分解为更小的部分，直到认为适宜的程度。第二，“原子一还原”原理认为成世界万物的本原是“原子”，只要一层一层地降解，“还”到其本原—“原子”，就可找到事物或现象的终极原因和解释。第三，“粒子一实体”原理原子论设。

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